La presencia de la CEPAL en el Brasil comenzó con un acuerdo de colaboración entre la CEPAL y el Banco Nacional para el Desarrollo Económico y Social del Brasil (BNDES) en octubre de 1952, en virtud del cual se creó el Grupo Mixto de Estudios CEPAL/BNDES. En septiembre de 1960, se inauguró el Centro de Desarrollo Económico CEPAL/BNDES en Río de Janeiro, que se considera la primera representación formal de la CEPAL en el Brasil. En la segunda mitad de la década de 1960, se produjo la desvinculación del programa con respecto al BNDES y, en 1968, se inauguró, de nuevo en Río de Janeiro, la oficina de la CEPAL/ILPES en el Brasil. La oficina se transfirió a Brasilia en 1978, como consecuencia de un acuerdo entre la CEPAL, el Gobierno del Brasil y el Instituto de Investigación Económica Aplicada (IPEA).
Desde entonces, la oficina de la CEPAL en Brasilia ha mantenido, además del acuerdo con el IPEA, otros acuerdos de cooperación técnica concernientes al desarrollo con diversos organismos de la administración federal, entre los que destacan el Ministerio del Medio Ambiente (en lo relativo a estudios sobre el desarrollo sostenible) y el Ministerio de Ciencia y Tecnología. También tiene acuerdos con agencias de cooperación y gobiernos de otros países.
La oficina divulga los cursos ofrecidos por el sistema de la CEPAL en su sede de Chile y en otros países, coordina la realización de cursos de capacitación técnica y formación ofrecidos por la Comisión en el Brasil y difunde información sobre sus actividades y publicaciones. Actualmente, el Director de la oficina de la CEPAL en Brasilia es el brasileño Carlos Mussi.